加用蓋玻片后，標本表面勻平，光線得以集中，便于檢查。
顯微鏡在從木箱中取出或裝箱時，右手緊握鏡臂，左手穩托鏡座，輕輕取出。不要只用一只手提取，以防顯微鏡墜落，然后輕輕放在實習臺上或裝 入木箱內。

生物顯微鏡放到實習臺上時，先放鏡座的一端，再將鏡座全部放穩，切不可使鏡座全面同時與臺面接觸，這樣震動過大，透鏡和微調節器的裝置易損壞。

顯微鏡須經常保持清潔，勿使油污和灰塵附著。如透鏡部分不潔時，用擦鏡紙輕擦，如有油污，先將擦鏡紙蘸少許二甲苯拭去。

顯微鏡不能在陽光下暴曬和使用。
接目鏡和接物鏡不要隨便抽出和卸下必須抽取接目鏡時，須將鏡筒上口凈用布遮蓋，避免灰塵落入鏡筒內。更換接物鏡時，卸下后應倒置在清潔的臺面下，并隨即裝入木箱的置放接物鏡的管內。

顯微鏡用完后，取下標本片，經聚光器降下，再將物鏡轉成“八”字形，轉動粗調節器使鏡筒下降，以免接物鏡與聚光器相碰。
生物顯微鏡應放在干燥的地方，以防生霉。